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日本大学的学费主要分为入学金和课程费两部分。入学金通常为20万日元（1万日元约合600元人民币）到30万日元不等。课程费国立和公立大学与私立大学大概相差一半的价格，如国立东京大学一年课程的学费为50多万日元，而私立早稻田大学则需要130万日元，某些人气高的学部比如国际教养学部、理工科和体育科，则达到170万日元的高额。
根据日本厚生劳动省2013年的调查，2012年日本家庭平均收入为537万日元，老年人家庭为309万日元，有儿童的家庭为673万日元。
有日本人说，在日本，4年大学下来至少需要400万日元左右，如果是多子女的家庭，同时供养几个孩子上大学就会比较吃力。
她说，为了保险，日本学生考大学时一般会同时报考10所学校，而报名费一般需要4万至5万日元，所以还没进大学就要投资四五十万日元。明治大学教授加藤彻也说，每年报考该校的学生约有10万人，将明治大学作为未能进入早稻田大学和庆应义塾大学的替补对象，所以每年考试明治大学就能赚上50亿日元左右。
她介绍说，为了解决孩子上大学的问题，不少家长在孩子一出生就会加入“学资保险”，作为孩子将来上大学的一个储蓄。有的学生在高中就开始打工，筹集大学学费。
学资保险类似于公积金，在儿童上学和升学时可以获得一部分祝贺金，如果不领取还可以继续积累，在期满时也可以一次性领取期满学资金。日本很多保险公司都推出了这种保险。
在一些中国留学生看来，政府、大学与学生间之间存在的问题应该就是年年上涨的“学费”矛盾了。虽然私立大学也会得到政府的一部分补贴，但是毕竟不如国立大学那样学费负担轻，特别是2014年4月，伴随消费税的提升，私立大学的学费又比往年高出一截。
但与此同时，日本有援助大学生的各种制度。国立和公立的高中跟大学对经济状况较差的家庭的学生，可以减少和免除学费。如东京大学规定，家庭年收入在400万日元以下学生，可以免除授课费。1995年阪神大地震和2004年新潟地震发生时，有的大学就免除了受灾学生的大学考试费和入学金。
除了学生可以自己打工赚钱外，日本还有很多奖学金制度。不过这里所说的“奖学金”不是那种无需偿还的奖金，而类似于学生贷款。日本的主要奖学金包括日本学生支援机构的奖学金、地方政府的奖学金、民间团体的奖学金、大学自己的奖学金、医院的奖学金（主要限于看护系）等。
日本学生支援机构提供的奖学金约有130万人利用，是最为普及的一种奖学金，分为无利息和有利息两种，但是即使有利息，也非常低，上限是3%，因此非常受欢迎。无息奖学金主要是对于成绩特别优秀（评定平均值在3.5分以上）但是由于经济原因而难以完成学业的学生。
地方政府的奖学金制度则多数是无息的，不过有时不能与日本学生支援机构的奖学金并用。
民间团体的奖学金是根据成绩等评选对象，募集的范围很少，所以不容易获得。
大学自己的奖学金是根据入学考试的成绩和大学学习期间的成绩进行评选，范围有限，也不容易获得。不过，如果符合一定条件，可以全额免除或者减少一半的授课费，能给学生减轻不少负担。
医院的奖学金制度主要是面向将来准备担任护理师的学生，这些学生可以从医院获得奖学金，在从护理大学和护理专门学校毕业后，在指定的医院工作三四年后，有时可以免除偿还奖学金。此外，日本政府还推出国家的教育贷款，且可以与日本学生支援机构的奖学金制度并用。
